Dne 14. března 1939 Slovensko vyhlásilo samostatnost a po okupaci německými vojsky 15. března 1939 byl na zbytku československého území (tedy na území dnešní České republiky bez Sudet, připojených v roce 1938 k Německu, a východní části československého Těšínska, připojené ve stejném roce k Polsku) vyhlášen Protektorát Čechy a Morava (na území Protektorátu se nacházela jen velmi malá část Českého Slezska v okolí Ostravy a Frýdku, zatímco zbytek, včetně východní poloviny československého Těšínska, byl připojen k Německu).
Prezident Edvard
Beneš v Londýně zorganizoval exilovou vládu (tzv. prozatímní státní
zřízení). Německá okupace Československa se setkala s masivním odbojem
obyvatel země a skupin podporovaných ze zahraničí (zejm. operace
Anthropoid), na který nacisté reagovali terorem (např. vyhlazení Lidic).
V průběhu druhé světové války nacisté realizovali politiku totálního
nasazení českých pracovních sil na území Německa, stejně jako likvidaci
židovské diaspory na území Protektorátu. Nejznámější údaj o počtu obětí
nacistické okupace pochází z výzkumu zveřejněného Gustavem Hajčíkem a
Jaroslavem Voleníkem roku 1956, podle něhož během války zemřelo 360 000
Čechoslováků.
