V roce 1526 byl na český trůn zvolen Ferdinand I. Habsburský a s ním dynastie Habsburků, která zemi postupně včlenila do habsburské monarchie. Ferdinandův vnuk Rudolf II.
si ještě (jako poslední Habsburk, který toto udělal) zvolil Prahu za
sídelní město a, ač katolík, byl velmi tolerantní vůči českému
protestantismu (Rudolfův majestát). Po jeho smrti však éra tolerance
skončila a náboženské napětí znovu vzrostlo. V roce 1618 vypuklo proti
katolickému panovníkovi ozbrojené povstání českých protestantských stavů (stavů v Čechách).
Defenestrace císařských místodržících v roce 1618 se stala i počátkem
třicetileté války. Vojsko českých stavů bylo roku 1620 v bitvě na Bílé
hoře poraženo a stavovští vůdcové byli veřejně popraveni v Praze.
Začala násilná rekatolizace českých protestantů. Rozsáhlý majetek
české exilové šlechty a inteligence připadl věrným stoupencům
Habsburků. Do poloviny 17. století klesla populace v Čechách a na Moravě
o necelých 30 % na zhruba 1,75 milionu obyvatel. Roku 1627 bylo pro
Čechy vydáno Obnovené zřízení zemské, kterým Habsburkové získali
Český královský titul dědičně, za jediné povolené náboženství bylo
prohlášeno katolické a jazyk německý byl zrovnoprávněn s českým,
fakticky byl ale upřednostněn.
Správními reformami Marie Terezie v roce 1749 byly země Koruny české de
facto zrušeny, ale i nadále se korunovali čeští králové v rámci Českého
království. Během hladomoru v letech 1771–1772 zemřelo nejméně 250 000
lidí, což vedlo k rozsáhlým nevolnickým nepokojům. Náboženskou toleranci
a zrušení nevolnictví přinesly až reformy Josefa II. v roce 1781. Od
17. až do počátku 19. století rovněž probíhala centralizace monarchie.
Této centralizaci napomáhalo preferování německého jazyka ve státní i
církevní správě. V odpověď na poněmčování kultury i jazyka se koncem 18.
století začalo v českých zemích projevovat české národní obrození, tedy
snaha o obnovu české kultury a jazyka a později i o získání politické
moci stranami zastupujícími zájmy českého etnika. Ve druhé polovině 19.
století nastal na území dnešní České republiky i významný hospodářský a
kulturní rozvoj. Většina (asi 70 %) průmyslu Rakouska-Uherska byla
soustředěna v Českých zemích. České politické elity (zejm. František
Palacký) po celé 19. století věřily, že federalizované a demokraticky
reformované Rakousko bude nejvýhodnějším životním prostorem pro český
národ i jiné malé národy střední Evropy (tzv. austroslavismus). Rakouské
soustátí mělo být ochranou vůči vlivu mocných národů ze západu i
východu. To však změnila první světová válka (1914–1918), vstupem do níž
vídeňští politici učinili z Rakousko-Uherska přívěsek vilémovského
Německa, čímž austroslavistické sny rozmetali. Novým řešením měl být
projekt Československa připravený Tomášem Garriguem Masarykem a Edvardem
Benešem.
