V roce 1535 bylo vydáno Zřízení zemské markrabství moravského. Vznikly tak kraje novojičínský, olomoucký, brněnský a hradišťský.
V 16. století byl nejvyšším zemským orgánem moravský zemský sněm. Měl
právo povolovat berně. Měl samostatnou moc, pokud šlo o zemská práva a
zemské zákonodárství. Střežil moravské svobody. V čele země stál
královský zemský hejtman s dalšími úředníky. V zahraničí byla Morava
chápána téměř jako samostatná stavovská republika.
Počátkem 17.
století se z iniciativy Karla staršího ze Žerotína Moravané poprvé a
naposledy odtrhli a dočasně se odklonili nikoliv od Koruny, ale od krále
(markrabího) Rudolfa II. Vznikla konfederace Moravy, Uher a Rakous. V
jejím čele stál uherský král Matyáš Habsburský přijatý v roce 1608 za
moravského markrabího. Matyáš tehdy přiznal moravským stavům právo
zákonodárné, a to i bez souhlasu panovníka-markrabího, dále právo
zemského sněmu vypovídat válku a uzavírat mír a bránit zemské zřízení i
zbraní, kdyby je panovník porušoval.
Tato iniciativa byla výsledkem rozhořčení nad postupem českých stavů a jejich postojem v minulosti k Moravě.
Morava
vedená Karlem starším ze Žerotína a Františkem z Ditrichštejna se
nejprve odmítla připojit k českému stavovskému povstání. Spojila se s
ním až v roce 1619, kdy v zemi proběhl s pomocí českého stavovského
vojska převrat.
Bitvy na Bílé hoře se v roce 1620 zúčastnilo na
čtyři tisíce mužů moravského vojska. Přesněji řečeno, šlo o žoldnéře z
německých zemí najaté za peníze moravských stavů. Moravské vojsko vedl
Jindřich z Thurnu mladší a Jindřich Šlik.
