15. března 1939 byl zbytek českých zemí obsazen nacistickým Německem a 16. března začleněn do Protektorátu Čechy a Morava, jehož součástí byl až do osvobození. Už předtím, (tedy ještě za formálně nezávislého Česko-Slovenska) započala na Moravě výstavba německé exteritoriální dálnice Vídeň - Vratislav, jež měla, mimo jiné, napomoci rychlejší germanizaci Moravy.
K
1. listopadu 1940 protektorátní vláda svým nařízením č. 388/1940 Sb. z.
a n., „o některých změnách obvodů zemských úřadů v Praze a v Brně“
připojila k zemi Moravské některé okrajové oblasti východních a
jihovýchodních Čech v oblasti Českomoravské vrchoviny. Ke stejnému datu
vstoupilo v platnost i související vládní nařízení ze dne 26. září 1940,
č. 389 Sb. z. a n., „kterým se upravují obvody a sídla některých
okresních úřadů“, jímž se měnilo vymezení několika politických okresů,
přičemž se jiné politické okresy rušily. Důvodem pro tyto změny byl
především tlak obyvatelstva německého ostrůvku na Jihlavsku.
K
Moravě tak byly připojeny soudní okresy Polná, Štoky (k němuž byla
připojena východní část soudního okresu Německý Brod), jež byly
začleněny do politického okresu Jihlava; soudní okres Přibyslav (k němuž
byla připojena i severovýchodní část soudního okresu Německý Brod),
který byl začleněn do politického okresu Nové Město na Moravě;
protektorátní část politického okresu Jindřichův Hradec, který byl
začleněn k nově zřízenému politickému okresu Telč (okresní úřad sem byl
přeložen z Dačic, které sice ještě náležely k protektorátu, ale byly
těsně u jeho hranic); a jihovýchodní část politického okresu Polička,
která byla v rámci Moravy začleněna do soudního okresu Kunštát v
politickém okrese Boskovice.
Koncem dubna 1942 byly práce na výše zmíněné exteritoriální dálnici přerušeny a již nikdy se nepokračovalo v její výstavbě.
Během
protektorátu prováděli nacisté na území Moravy organizovaný útisk a
terorizování obyvatelstva. Brzy po obsazení zbytku českých zemí byly
vypáleny například synagogy v Brně, Jihlavě a Olomouci. Po uzavření
českých vysokých škol koncem roku 1939 byla řada vysokoškolských budov a
kolejí přeměněna na věznice (například Kounicovy koleje v Brně) nebo
úřadovny gestapa (například budova Právnické fakulty Masarykovy
univerzity v Brně).
Za okupace se též nově objevil problém
moravského separatismu a na druhé straně hranice naopak snaha sousedního
Slovenského štátu těchto jevů využít, rozšířit slovenské území o
podstatnou část Moravy a vytvořit tak „Velké Slovensko“.
Moravsko-slovenská společnost vyjádřila již 15. března 1939 přání
připojit Slovácko k právě vzniklému Slovensku: „Moravští Slováci z kraje
hodonínského, strážnického, kyjovského, hradišťského i uherskobrodského
se počítají ke slovenskému národu a vítají vytvoření samostatné
suverénní Slovenské republiky, jejíž suverenitu uznávají i nad krajem
moravských Slováků.“ Také spolek Národopisná Morava podporoval tyto
záměry. Na základě toho roku 1940 napsal slovenský premiér Vojtech Tuka
memorandum Adolfu Hitlerovi, v němž tvrdil, že „na hranicích
protektorátu žije půl milionu moravských Slováků bez menšinových práv a
většina z nich žádá připojení ke Slovensku“. Ke Slovensku se podle
memoranda měla připojit:
v užší variantě: oblast s městy Hodonín,
Kyjov, Strážnice, Veselí nad Moravou, Uherský Brod, Uherské Hradiště,
Otrokovice, Zlín, Hranice, Valašské Meziříčí, Vsetín a Bylnice
v
širší variantě: oblast vymezená trasou Valtice-Poštorná-Chorvatská Nová
Ves-Podivín-Šakvice, následně shodně s první mapou až k městu Kroměříž a
odtud přes Holešov-Bystřici pod Hostýnem-Teplici nad Bečvou-Spálov-Odry
Němci
nereagovali, tak sepsali slovenští politici následující rok žádost
podruhé. Všechny tyto pokusy byly ukončeny, když se v červnu 1941 K. H.
Frank a po něm zejména Hitler postavili ostře proti – především z důvodu
zachování zbrojní výroby a také kvůli germanizačním plánům nechtěla
Německá říše svému slovenskému vazalovi v této záležitosti ustoupit a
moravské území mu předat.
